Karakterisasi Bakteri Psikrotrofik dari Perairan Selat Makassar dengan Menggunakan Pendekatan Teknik rep-PCR

Dewi Nasima. K2D 001 255. Karakterisasi Bakteri Psikrotrofik dari Perairan Selat Makassar dengan Menggunakan Pendekatan Teknik rep-PCR (Pembimbing: Ocky Karna Radjasa dan Agus Sabdono)

Bakteri psikrotrofik adalah jenis bakteri yang mampu beradaptasi pada lingkungan dengan suhu rendah. Karakterisasi mikroorganisme merupakan suatu hal yang esensial dalam studi ekologi mikrobial, dan ini biasa dilakukan melalui serangkaian pengujian berdasarkan ciri fenotif saja. Perkembangan teknik biologi molekuler seperti metode PCR merupakan suatu alternatif untuk karakterisasi bakteri dan salah satunya adalah metode rep-PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui karakteristik bakteri psikrotrofik di perairan Selat Makassar dengan pendekatan teknik molekuler, yaitu metode rep-PCR.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah eksperimental laboratoris. Pengelompokan (rapid grouping) dilakukan dengan metode rep-PCR. Sedangkan untuk sekuensing dilakukan dengan menggunakan mesin sekuenser otomatis ABI 3130 XL.

Dari hasil isolasi bakteri didapatkan 27 isolat bakteri psikrotrofik, dimana setelah dilakukan pengelompokan menggunakan rep-PCR dihasilkan 6 isolat representatif. Isolat PSM 1.5 memiliki homologi tertinggi (100%) dengan Vibrio splendidus, PSM 2.2, PSM 2.7 dan PSM 2.8 memiliki homologi tertinggi (99%) dengan Psychrobacter sp., PSM 2.4 hasil homologi tertingginya (99%) adalah dengan Psychrobacter alimentarius, dan PSM 3.4 memiliki homologi tertinggi (98%) dengan Pseudomonas sp.

Kata kunci: Karakterisasi, bakteri psikrotrofik, rep-PCR, Selat Makassar

Kontak:
Dewi Nasima, S.Kel.
email: dweean@yahoo.com